Prowadzenie inwestycji Opactwo powierzyło inwestorowi zastępczemu, którym był Zarząd Rewaloryzacji Zespołów Zabytkowych Krakowa, Kraków, ul. Bracka 13. Po podpisaniu umowy z Wojewodą Małopolskim ogłoszono w dniu 20.11.2006r. przetarg na zasadach kodeksu cywilnego na wykonanie prac budowlanych - wielobranżowych związanych z modernizacją tzw. Wielkiej Ruiny. W dniu 7.12.2006r. została zawarta umowa nr TG-2/2251/282/06 z wybranym wykonawcą, którym została Spółdzielnia Rzemieślnicza „BUDMET” Kraków, Os. Willowe 30. Zawarto również umowę na usługi sprawozdawczo - rozliczeniowe i promocję projektu, których wykonawcą została firma „Gwiazdowski + Capital Investments”.
Do końca 2006 r. wykonawca prac budowlanych przygotował zaplecze budowy i rozpoczął prace przygotowawcze. Przyznane w 2006 roku przez MKiDN oraz NFOś dotacje wykorzystano na zakup części materiałów i urządzeń potrzebnych do realizacji prac. Prace budowlane rozpoczęto od odgruzowania piwnic z równoczesnym zabezpieczaniem konstrukcyjnym fundamentów i ścian, sieci elektrycznych i ogrzewania podłogowego.
W pierwszym kwartale 2007 roku wykonano główne prace budowlane i konstrukcyjne w piwnicach, oraz realizowano prace o charakterze konstrukcyjnym na wyższych kondygnacjach. W piwnicach, po ich całkowitym odgruzowaniu, odsłonięto najstarsze mury kamienne pochodzące z okresu romańskiego, które będą mogli oglądać turyści zwiedzający obiekt. Przygotowano przebicia w stropach dla pionów instalacji wodno-kanalizacyjnych oraz zamontowano systemowe ścianki działowe na poddaszu. Równocześnie rozpoczęto wykonywanie wewnętrznych sieci instalacji wod.-kan., c.w.u, elektrycznych i ogrzewania podłogowego.
W drugim kwartale 2007 roku rozpoczęto prace wykończeniowe na poddaszu, wymurowano ścianki działowe na II piętrze i montowano piony instalacyjne oraz rozprowadzano przewody instalacji elektrycznych przebiegających w podłogach jak również instalacje płaszczyznowego ogrzewania podłogowego. Rozpoczęto również prace związane ze źródłem ciepła, które były ściśle powiązane z realizowaną równolegle modernizacją gospodarki cieplnej klasztoru wykorzystującą ciepło Ziemi poprzez system pomp i gruntowych wymienników ciepła oraz montaż baterii słonecznych. Ponieważ w 2007 Projekt został dofinansowany środkami Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa dokonano wyboru wykonawców na prace konserwatorskie i ściśle z nimi związane towarzyszące prace budowlane zgodnie z ustawą Prawo zamówień publicznych. W wyniku negocjacji bez ogłoszenia (zgodnie z przesłanką art. 5 ust.1 pkt. 11 ustawy) wykonawcą prac konserwatorskich została firma „KAMEX” - Konserwacja Obiektów Zabytkowych, Podłęże k. Krakowa 133, , natomiast po przetargu nieograniczonym ogłoszonym 12.04.2007 r. na towarzyszące prace budowlane ich wykonawcą została Spółdzielnia Rzemieślnicza „BUDMET”. Do końca czerwca zostały wykonane prace konserwatorskie przy wątkach kamiennych w piwnicach oraz rozpoczęta konserwacja wątków ceglano-kamiennych na parterze i I piętrze od zakresu działań technicznych - odczyszczenie, usunięcie wtórnych przemurowań, usunięcie wadliwych i wykruszających się spoin.
W sezonie letnim - trzecim kwartale 2007 roku - dokonano przeglądu więźby dachowej i pokrycia dachu. Po wykonaniu niezbędnych uszczelnień dachówki oraz pracach naprawczych więźby wykonano ocieplenie dachu. Zrealizowano również zaprojektowaną korektę dachu od strony północnej, polegającą na wykonaniu nowych lukarn w dolnej połaci i montażu półkolistych okien. Zakończono prace konserwatorskie przy elewacji północnej wykonując pełną konserwację wątków ceglano-kamiennych z aranżacją widocznych nawarstwień historycznych będącą efektem dyskusji i zaleceń, które odbyły się w ramach powoływanych wielokrotnie komisji konserwatorskich. W komisjach uczestniczyli przedstawiciele Miejskiego Konserwatora Zabytków oraz Rzeczoznawca Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Komisje weryfikowały również przebieg prac konserwatorskich przy konserwacji i aranżacji wewnętrznych wątków ceglano-kamiennych. Wykonano nowe tynki na elewacji skrzydła zachodniego. Zamontowano wszystkie projektowane okna w elewacjach w tym przeszklone zamknięcia aluminiowe arkadowych otworów w parterze elewacji północnej. Kontynuowano również prace związane z odtworzeniem i wykończeniem pomieszczeń od wewnątrz :
- sukcesywnie wykonywano wylewki pod posadzki w pomieszczeniach, w których zakończono rozprowadzanie instalacji elektrycznych i ogrzewania podłogowego
- tynki na parterze, na I piętrze skrzydła zachodniego oraz w pokojach gościnnych II piętra i poddasza
- schody żelbetowe do piwnicy oraz z II piętra na poddasze
- rozpoczęto prace konstrukcyjne i budowlane związane z wykonaniem szybu windy
- kontynuowano rozprowadzanie przewodów instalacji elektrycznych w tym niskoprądowych (alarmowych, komputerowej i telefonicznej)
- kontynuowano prace konserwatorskie, głównie aranżację tzw. dużej sali.
W czwartym kwartale 2007 roku rozpoczęto prace wykończeniowe.
W listopadzie zamontowano windę dla osób niepełnosprawnych, oraz przeszklony podest widokowy na parterze, pozwalający na oglądanie reliktów archeologicznych zachowanych w piwnicach - finansowane ze środków PFRON. Rozpoczęto montaż stolarki drzwiowej.
W zakresie robót branżowych zakończono stan surowy instalacji wod.-kan, wentylacji, klimatyzacji i p. - poż., oraz zewnętrzne uzbrojenie sieci kanalizacyjnej i wodnej. Do zakończenia pozostał do wykonania jedynie tzw. biały montaż. Instalację ogrzewania podłogowego wykonano w 90%, przy czym pomieszczenia, w których wykonano pełny zakres zaczęły być ogrzewane. Zakończono również oprzewodowanie wszystkich instalacji elektrycznych, słaboprądowych, alarmowych. Dostarczono do obiektu większość opraw oświetleniowych.
Zakończono prace związane ze źródłem ciepła z siecią i węzłami regulacyjnymi finansowane ze środków NFOśiGW, co pozwoliło na uruchomienie ogrzewania.
W sezonie jesiennym zakończono prace przy elewacjach. Na elewacji północnej wykonano zgodnie z programem prac konserwatorskich pełną konserwację wątków ceglano-kamiennych z aranżacją widocznych nawarstwień historycznych będącą efektem dyskusji i zaleceń, które odbyły się w ramach powoływanych wielokrotnie komisji konserwatorskich. W komisjach uczestniczyli przedstawiciele Miejskiego Konserwatora Zabytków oraz Rzeczoznawca Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Komisje weryfikowały również przebieg prac konserwatorskich przy konserwacji i aranżacji wewnętrznych wątków ceglano-kamiennych. Zrealizowano założenie konserwatorskie przewidujące w dawnej bibliotece uczytelnienie na ścianach strzępi zawalonego sklepienia barokowego poprzez odpowiednie zaaranżowanie odtworzonych form architektonicznych pilastrów, widocznych fragmentów wątków ceglanych oraz powierzchni tynkowanych.
W styczniu i lutym 2008 r. wykonano tzw. biały montaż w łazienkach oraz montaż osprzętu elektrycznego na II piętrze i poddaszu, dzięki czemu całkowicie zakończono prace w pokojach gościnnych. Na niższych kondygnacjach zakończono montaż posadzek, obłożenie kamieniem schodów, zamontowano balustrady oraz ścianki p. pożarowe. W marcu 2008 roku zakończono prace wykończeniowe oraz konserwatorskie i zamontowano ruchomy podest pomiędzy piwnicą a parterem. Rozpoczęto pomiary i próby instalacji oraz odbiory robót branżowych. W kwietniu wyposażono pomieszczenia parteru w podstawy pod eksponaty i urządzono ekspozycję lapidaryjną równocześnie likwidując zewnętrzny plac budowy.
Dnia 29.04.2008 roku firma Kamex zgłosiła zakończenie prac realizacji prac objętych umową na prace konserwatorskie. Komisja konserwatorska powołana w dniu 07.05.2008 r. wysoko oceniała efekt wykonanych prac stwierdzając „to wielkie przedsięwzięcie inżynieryjno-konserwatorskie połączone z modernizacją infrastruktury i współczesną aranżacją jest wydarzeniem konserwatorskim, precedensem na skalę Małopolski„. W dniu 30.04.2008 r. Spółdzielnia BUDMET zgłosiła zakończenie prac objętych umowami na prace budowlane.
Efektem działań w ramach Projektu jest zakończenie trwającej od 1939 roku - tj. od powrotu Benedyktynów do Tyńca - odbudowy zabytkowego Opactwa. Wykończenie i modernizacja skrzydła południowego tzw. Wielkiej Ruiny pozwoliło na stworzenie w tych zabytkowych murach siedziby Benedyktyńskiego Instytutu Kultury, który rozpoczyna swoją działalność dnia 11.07.2008 r. Pierwsza oferta programowa BIK - przygotowana na okres do czerwca 2009 r. - proponuje szereg wydarzeń kulturalnych, warsztaty i kursy oraz rekolekcje, poprzez które promowane będzie benedyktyńskie dziedzictwo kultury, historii i duchowości.
